风险控制引擎是贯穿在整个免疫规划管理工作中，它会在事前进行低接种率预警及温度失控预警，提醒门诊管理人员立即采取相关措施来控制接种率及疫苗温度，同时系统会在事中进行过程风险控制，严格儿童免疫程序的管理，严控疫苗的运输流通，实施接种证条形码及疫苗监管码“两码接种”模式，保证接种疫苗及接种对象的准确，另外，系统也会在事后进行风险溯源，对问题疫苗的来源及去向进行追踪查询，将风险级别及影响程度降至最低。
1低接种率自动报警
当某一区域接种率低于指定阈值时，会向上级单位发送预警短信，并在平台生成预警记录，以便管理部门及时采取补救措施。
2疫苗温度超标预警
当库存疫苗温度超过标准范围后，系统会自动给相关负责人发送预警短信，提示尽快采取措施保证疫苗温度。
3疫苗过期失效锁定
当库存疫苗已过失效期，系统会自动锁定该疫苗，门诊接种时将不能选择该过期疫苗，有效避免失效疫苗误接种。