系统依据《疫苗流通与预防接种管理条例》中规定的流程，根据《疫苗供应体系建设规划》的规定进行构架，利用疫苗的电子监管码进行全程电子监管。根据药监对生物制品的管理规范，疫苗电子监管码与疫苗有着一一对应的关系，通过一项专利技术可实时掌握疫苗的库存情况、流通情况、接种情况。
1、疫苗需求与分配计划
系统可自动根据基层接种门诊上一周期的接种情况预估下一周期疫苗用量，各单位在允许的浮动范围内填写需求计划，层层上报，为上级单位科学分配疫苗提供数据支持，有效解决了以往“浪费”与“不足”并存的情况。并可实时汇总各类各项报表，为科学分配疫苗提供数据支持。同时提供详细的疫苗出入库记录、满足计划管理（年度计划、领用计划、统计查询）、批次信息管理、疫苗出入库管理（出入库信息、出入库确认、出入库查询、统计分析、质量控制）、疫苗预警管理（预警人员设置、预警信息、预警设置）、采购供应与使用情况（采购供应报表）。
2、疫苗库存管理与调剂
系统可以实时统计某个单位某种疫苗的使用数量、库存数量、近期应种未种人数、库存还可接种的人数等信息，以方便疫苗的分配与调剂。
3、疫苗接种溯源
通过疫苗监管码可查询疫苗本身的详细信息和流通过程、接种门诊、接种医生、受种者信息，实现接种溯源。
4、问题疫苗追踪
系统可以实时统计某个批号的疫苗在某一区域内详细的数量、流通情况、已接种者及目前各单位剩余库存情况，实现问题疫苗的追踪和受种者的追踪。
5、疫苗冷链监测
系统具备冷链设备信息维护、冷链设备温度记录、冷链设备信息审核、冷链设备统计分析等各项功能。通过网络将全程冷链信息进行记录方便各级查询，当有温度异常会自动报警，以便对各级疫苗冷链系统进行监控。
